Saat ini, STAI Sukabumi telah memiliki enam (6) Program Studi pada jenjang S-1 dan jenjang Pascasarjana S-2.

Program studi pada jenjang S-1 antara lain:

1. Pendidikan Agama Islam (PAI) – Gelar S.Pd.
2. Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD) – Gelar S.Pd.
3. Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) – Gelar S.Pd.
4. Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI) – Gelar S.Kom.
5. Manajemen Haji dan Umroh (MHU) – Gelar S.E.
6. Ekonomi Syariah (E.Sy) – Gelar S.E.

sedangakan untuk Jenjang S-2 adalah Program Studi Pendidikan Agama Islam dengan konsentrasi:

1. Pendidikan Agama Islam (PAI) – Gelar M.Pd.
2. Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD) – Gelar M.Pd.
3. Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) – Gelar M.Pd.
4. Manajemen Pendidikan Islam (MPI) – Gelar M.Pd.